संग्रहालय की वास्तविकता एक दूरदर्शी पत्रकार और राष्ट्रवादी श्री बी एन गुप्ता के दिमाग में पैदा हुए एक विचार के कीटाणु से शुरू हुई। व्यापक रूप से कूच करके और स्मिथसोनियन की तरह पश्चिम में संग्रहालयों से प्रेरित होकर, वह 1958 में बेंगलुरु में इसी तरह के संग्रहालय की स्थापना के विचार के साथ आया था।
VITM 14 जुलाई, 1962 को तत्कालीन प्रधान मंत्री पंडित जवाहरलाल नेहरू द्वारा वैज्ञानिक और राजनीतिक प्रकाशकों की उपस्थिति में जनता के लिए खोला गया था। संग्रहालय ने गर्व से विभिन्न औद्योगिक उत्पादों और इंजनों को रखा।
CSIR के स्थिर नेतृत्व के तहत, संग्रहालय के चरित्र में एक महत्वपूर्ण परिवर्तन हुआ; औद्योगिक संग्रहालय होने से, यह एक विज्ञान संग्रहालय भी बन गया। वास्तव में, VITM 27 जुलाई, 1965 को अपना जन्मदिन मनाता है – जिस दिन पहली गैलरी का उद्घाटन किया गया था।
1978 में राष्ट्रीय विज्ञान संग्रहालय परिषद (NCSM) की स्थापना के साथ, VITM इसके तत्वावधान में आया। बेंगलुरू में संग्रहालय में गतिविधियों को महत्वपूर्ण रूप से पूरा करने के अलावा, NCSM ने दक्षिण भारत के लिए VITM को अपना नोडल केंद्र बनाया और अत्याधुनिक प्रदर्शन और गतिविधियों के साथ विज्ञान केंद्रों की स्थापना को प्रोत्साहित किया। इस प्रकार, VITM की देश के दक्षिणी भाग में विज्ञान में सार्वजनिक हित को ढालने की प्रभावशाली भूमिका है।